为了参加下一次的宠物小精灵大赛，来到了阿拉莫斯镇的小智一行，邂逅了一名叫做爱丽斯的可爱女性。在爱丽斯的带领下，小智一行参观了当地的名胜地『时空之塔』，还有美不胜收的碧水庭园。完全陷入愉快的观光者气氛的小智一行，却发现了庭园变得荒芜了。这时来到小智一行人面前的是镇里很有名望的阿尔贝尔特男爵。他肯定的告诉小智他们，破坏庭园的就是幻之宠物小精灵达库莱伊。接着，从令人不安的?影中，达库莱伊现身在小智一行的面前。未知的宠物小精灵，达库莱伊到底是什么东西？正好在那个时候，迪亚路加和帕鲁基亚正在时空的缝隙中激烈的战斗正在扩大。可怕的巨大能量撞击在一起，切开了整个空间。紧接着，在那个裂缝中出现的，正是阿拉莫斯镇。 在『时空之塔』的广场上，达库莱伊再度降临。镇子里的人们和宠物小精灵都被达库莱伊的“?洞”袭击，继而陷入睡眠之中。阿尔贝尔特男爵为了捕捉达库莱伊，组织了讨伐部队，可达库莱伊的反击也十分强烈，反倒使镇子陷入了更大的混乱。 另一方面，爱丽斯的青梅竹马科学家托尼奥发现了镇子里的空间异常现象。并且在研究室里开始阅读了当年设计『时空之塔』的天才建筑家，也就是他的曾祖父戈迪的日记。在那本日记里，他发现了戈迪写下的一个重大预言。 『时间和空间分裂之时，巨大的愤怒将包围世界。 永不停止的众神之战……剩下的希望就存在于‘奥拉西翁’之中……。』 阿拉莫斯镇被诡异的雾给包围了起来，并且发生了人们无法离开镇子的不可思议现象。而察觉到空间异常的托尼奥根据数据分析得知，庭园荒芜就是‘帕鲁基亚即将进入镇子的前兆’。